Ruokavirasto perustettiin vuoden 2019 alussa, kun Elintarviketurvallisuusvirasto, Maaseutuvirasto ja osa Maanmittauslaitoksen tietotekniikkapalvelukeskuksesta yhdistettiin yhdeksi valtion virastoksi. Sen pääjohtajana toimii eläinlääketieteen tohtori Leena Räsänen, ja päätoimipaikka sijaitsee Seinäjoella. Viraston toiminta jakautuu kolmeen linjaan (maaseutu-, elintarvikeketju- sekä laboratorio- ja tutkimuslinja), ja keskeisenä tavoitteena oli yhtenäistää maatalous- ja elintarvikeketjun valvontaa sekä tietojärjestelmiä. Ensimmäinen toimintavuosi oli taloudellisesti haastava, mutta marraskuussa 2019 virastolle myönnettiin viiden miljoonan euron lisämääräraha valtion lisätalousarviossa. Ruokavirasto on herättänyt julkista keskustelua ylläpitämällään Koirarekisterillä, joka otettiin käyttöön toukokuussa 2023; rekisteri on saanut kritiikkiä tarpeellisuudestaan ja kustannuksistaan, ja vain alle kolmannes Suomen koirista on rekisteröity.