امتد موسم الدوري المصري الممتاز 2016-2017 على مدار 34 أسبوعًا، بدءًا من سبتمبر 2016 وحتى منتصف 2017، وشهد توقفًا متكررًا بسبب ارتباطات المنتخب الوطني في تصفيات كأس العالم 2018 أمام الكونغو وغانا، بالإضافة إلى كأس الأمم الأفريقية 2017 في الجابون، فضلًا عن مباريات الأندية في البطولات الأفريقية. من أبرز أحداث الموسم إقامة كأس السوبر المصري بين الأهلي والزمالك في 10 فبراير 2017، مع جدولة الأسابيع الأخيرة خلال شهر رمضان في توقيت واحد لتحقيق مبدأ تكافؤ الفرص بين الفرق المتنافسة والمهددة بالهبوط. شهد الموسم واقعة مثيرة للجدل عندما أُلغيت مباراة الزمالك ومصر المقاصة لعدم حضور الفريق الأول، حيث انتظر الحكم محمد فاروق 20 دقيقة قبل احتساب النتيجة 2-0 للمقاصة وخصم 3 نقاط من الزمالك، وهو القرار الذي اعتُمد رسميًا في 18 أبريل 2017. كما تم تحديد مواعيد المباريات المؤجلة، بما فيها قمة الأهلي والزمالك، بعد الانتهاء من تحديد مواعيد المرحلة الأخيرة من المسابقات الأفريقية للأندية، ليكتمل بذلك مشهد موسم حافل بالتنافس المحلي والقاري.