El Club Cienciano, fundado el 8 de julio de 1901 en Cusco por el misionero inglés William Newell, es el club más representativo de la ciudad imperial y actualmente compite en la Liga1 peruana. Su mayor logro histórico es ser el primer y único equipo peruano en ganar títulos internacionales oficiales de FIFA y Conmebol, al conquistar la Copa Sudamericana 2003 frente a River Plate y la Recopa Sudamericana 2004 ante Boca Juniors. A nivel nacional, ha obtenido tres torneos cortos (Clausura 2001, Apertura 2005 y Clausura 2006) y tres subcampeonatos, ubicándose en el sexto puesto de la tabla histórica de la primera división. La IFFHS lo reconoció como el mejor equipo peruano entre finales del siglo XX y principios del XXI, llegando incluso a ser considerado el mejor equipo del mundo en diciembre de 2003 y septiembre de 2004. Además de su rivalidad con Deportivo Garcilaso y FBC Melgar (Clásico del Sur), el club destaca por su peculiar historia: en 1973 adoptó el nombre de un club menor para registrarse profesionalmente, y tiene como mascota oficial a un burrito.