Fondé en 1880 à Dijon par l'abbé Bizouard, le club était à l'origine un patronage catholique (la Jeanne d'Arc) proposant gymnastique, chorale et football. Après avoir survécu aux deux guerres mondiales, il a dû déménager en 1966, ce qui a conduit à l'inauguration de la salle Henri Boisselot en 1972. C'est à cette époque que le club se concentre exclusivement sur le basket-ball, sous l'impulsion de présidents marquants comme Maurice Lebeau et Henri Boisselot. Le nom actuel JDA provient d'une erreur de presse qui a abrégé "Jeanne d'Arc", et ce sigle est resté comme dénomination officielle. Enfin, en 2018, le club s'est mutualisé avec le club de handball féminin Cercle Dijon Bourgogne 21 pour devenir la JDA Bourgogne Dijon, un acteur majeur du sport professionnel dijonnais.