יחסי מלזיה–נפאל כוננו רשמית ב־1 בינואר 1960, והתהדקו עם ביקוריו של מלך נפאל, בירנדרה, במלזיה ב־1978 וב־1985. בשנת 2003 פתחו שתי המדינות שגרירויות הדדיות – נפאל בקואלה לומפור ומלזיה בקטמנדו – ולנפאל יש בנוסף קונסוליה בסלנגור. מבחינה מסחרית, הייצוא המלזי לנפאל הגיע ל־70.6 מיליון דולר ב־2014 ול־54.6 מיליון ב־2015, וכלל בעיקר שמן דקלים, מחשבים, גומי ונחושת; הייצוא הנפאלי למלזיה היה קטן בהרבה – 2.61 ו־2.08 מיליון דולר בשנים אלה – וכלל בעיקר טבק, פסטה ותה. היחסים הדיפלומטיים והכלכליים בין המדינות נמשכים ומתפתחים גם כיום, תוך ייצוג הדדי ושיתוף פעולה סחרי.