Kementerian Agama Indonesia resmi dibentuk pada 3 Januari 1946, meskipun jabatan Menteri Negara Urusan Agama telah dipercayakan kepada Wahid Hasyim sejak September 1945. Sepanjang sejarah, organisasi Islam Nahdlatul Ulama (NU) menjadi penyumbang menteri terbanyak dengan total 16 orang, sementara dari sisi partai politik, Partai Majelis Syuro Muslimin Indonesia (Masyumi) menempatkan 11 wakilnya. Dua nama mencatatkan rekor menjabat di 6 kabinet berbeda, yaitu Masjkur dan Saifuddin Zuhri, sedangkan rekor masa jabatan terlama dipegang oleh Munawir Sjadzali dengan durasi 9 tahun, 363 hari. Pada periode Kabinet Pembangunan III hingga VII, para menteri ini juga merupakan anggota Dewan Pembina Golkar. Hingga saat ini, masih ada beberapa mantan menteri yang hidup, menjadikan posisi ini sebagai salah satu jabatan paling historis dan berpengaruh dalam pemerintahan Indonesia, terutama dalam kaitannya dengan dinamika organisasi Islam besar seperti NU, Muhammadiyah, dan Mathla'ul Anwar.