The Legend of Zelda: Ocarina of Time (1998), desarrollado por Nintendo para la Nintendo 64, revolucionó la franquicia al convertirse en el primer título de la saga en usar gráficos 3D, lanzándose en Japón el 21 de noviembre y en Norteamérica el 23 de noviembre de ese año. La trama sigue al joven héroe Link, quien viaja a través del tiempo en el reino de Hyrule para impedir que el rey Ganondorf se apodere de la Trifuerza, un reliquia capaz de conceder deseos, para lo cual debe tocar diversas melodías con su ocarina (la música es un elemento central y hasta aumentó las ventas del instrumento real).

En cuanto al juego, introdujo innovaciones clave como la cámara fija enfocable (uso de botones contextuales para hablar o usar la espada), que se convirtió en un estándar para los juegos de aventura tridimensionales. Con más de 7,6 millones de copias vendidas mundialmente, obtuvo un enorme éxito de ventas y crítica, logrando el Grand Prize del Japan Media Arts Festival y seis premios de la Interactive Achievement. En 2008, los Guinness World Records lo declararon el «videojuego más aclamado por la crítica de todos los tiempos», récord que mantuvo hasta finales de 2012. Además, fue relanzado en distintas plataformas como GameCube, con una edición especial Master Quest que añadía nuevas mazmorras, y en la Consola Virtual de Wii, consolidando su legado como un clásico atemporal.