Ο Αθλητικός Όμιλος Μυκόνου, με έδρα τη Μύκονο και κυανόλευκα χρώματα, ιδρύθηκε το 1981 και σήμερα διατηρεί ενεργά τμήματα στίβου και καλαθοσφαίρισης, ενώ παλαιότερα διέθετε και ποδοσφαιρικό τμήμα. Το ποδοσφαιρικό τμήμα, το οποίο είχε μια σύντομη προηγούμενη παρουσία τη δεκαετία του 1970, επανιδρύθηκε το 1981 και κυριάρχησε στο τοπικό πρωτάθλημα των Κυκλάδων, κατακτώντας οκτώ πρωταθλήματα και οκτώ κύπελλα, ενώ αγωνίστηκε επανειλημμένα στη Δ΄ Εθνική και το 2013-14 έφτασε για πρώτη φορά έως τη Γ΄ Εθνική. Το καλοκαίρι του 2020, το ποδοσφαιρικό τμήμα συγχωνεύτηκε με την ομάδα της Άνω Μεράς, δημιουργώντας την Α.Ε. Μυκόνου, η οποία ανέλαβε τη θέση της στη Γ΄ Εθνική, ενώ μια δεύτερη ομάδα της νέας οντότητας πήρε τη θέση του Α.Ο. Μυκόνου στο τοπικό πρωτάθλημα. Έτσι, ενώ το ποδόσφαιρο συνεχίζεται υπό νέα ονομασία, ο ιστορικός σύλλογος παραμένει ενεργός μέσω των τμημάτων στίβου και μπάσκετ, διατηρώντας την παρουσία και την ταυτότητά του στο νησί.