รายชื่อแผ่นดินไหวในประเทศญี่ปุ่น รวบรวมเหตุการณ์ที่มีขนาดตั้งแต่ 7.0 ขึ้นไป หรือก่อให้เกิดความเสียหายต่อชีวิตและทรัพย์สินอย่างมีนัยสำคัญ โดยการบันทึกแผ่นดินไหวที่เชื่อถือได้ครั้งแรกเกิดขึ้นเมื่อวันที่ 28 พฤษภาคม ค.ศ. 599 ในจังหวัดนาระ สมัยจักรพรรดินีซูอิโกะ ซึ่งระบุว่าทำลายอาคารทั่วแคว้นยามาโตะ ต่อมาในปี ค.ศ. 1892 มีการจัดตั้ง คณะกรรมการสอบสวนแผ่นดินไหวของจักรวรรดิ เพื่อรวบรวมข้อมูลประวัติศาสตร์อย่างเป็นระบบ และหลังเหตุการณ์แผ่นดินไหวครั้งใหญ่คันโตในปี ค.ศ. 1923 ก็ได้ยกฐานะเป็นสถาบันวิจัยแผ่นดินไหว ผลงานของ ทัตสึโอะ อูซามิ ถือเป็นแหล่งอ้างอิงที่เชื่อถือได้มากที่สุดเกี่ยวกับข้อมูลแผ่นดินไหวในประวัติศาสตร์ ส่วนการวัดความรุนแรง ญี่ปุ่นใช้ มาตราชินโด ซึ่งมี 10 ระดับ ตั้งแต่ 0 ถึง 7 (7 รุนแรงที่สุด) ต่างจากมาตราเมร์กัลลีที่มี 12 ระดับ และเน้นวัด ณ ตำแหน่งที่กำหนด เช่น "ชินโดะ 4 ในโตเกียว" แทนการวัดจากศูนย์กลางเพียงอย่างเดียว ทำให้การประเมินผลกระทบในแต่ละพื้นที่ชัดเจนยิ่งขึ้น