El Torneo Clausura 2025 de la Segunda División de Honduras (edición 78) coronó campeón al Atlético Independiente. En la finalisima del ascenso, celebrada el 1 y 8 de junio de 2025, se enfrentó a Choloma (campeón del Apertura 2024); tras un 1-1 en la ida y un 2-1 en la vuelta, perdieron la serie con un global de 3-2, por lo que Choloma obtuvo el codiciado cupo a la Liga Nacional. El torneo se estructuró en seis grupos regionales (Zona Insular, Norte, Occidental y Centro-Sur Oriente), de los cuales los mejores dos de cada grupo y los cuatro mejores terceros clasificaban a las fases de octavos de final, cuartos, semifinales y final. Para resolver empates, se priorizaba la mejor posición en la tabla general; si persista, se jugaban dos tiempos extra de 15 minutos y, finalmente, una tanda de penales. En cuanto al descenso, los últimos lugares de cada grupo se comparaban en una tabla específica, donde los dos mejores entre ellos salvaban la categoría y los demás descendían automáticamente a la Liga Mayor (tercera división).