NATO Genel Sekreteri, ittifakın başlıca sivil görevlisi olup, Kuzey Atlantik Konseyi'ne başkanlık eder, uluslararası kadroyu yönetir ve örgütün sözcülüğünü yapar; ancak askeri komuta yetkisi yoktur. Görevi şu anda, 1 Ekim 2024'te göreve başlayan eski Hollanda Başbakanı Mark Rutte yürütmektedir; selefi Jens Stoltenberg'in görev süresi, 2022'deki Rusya'nın Ukrayna'yı işgali nedeniyle iki yıl uzatılmıştı. Bu makam, Şubat 1952'de, 1950'de kurulan Konsey müsteşarlarının yetkilerinin artması ve örgütün büyümesi sonucu oluşturulmuştur. İlk Genel Sekreter, teklifi reddeden Oliver Franks'in ardından 12 Mart 1952'de seçilen İngiliz general ve diplomat Hastings Ismay olmuştur. Ismay, hem asker hem de diplomat olması nedeniyle bu görev için eşsiz niteliklere sahip olduğu kabul edilerek örgütün tüm sivil kurumlarını yönetme sorumluluğunu üstlenmiştir.