بدأ جدل بطاقة الهوية المصرية في التسعينيات بعد حوسبة النظام الحكومي، حيث حُرم المصريون غير المعترف بهم دينيًا (كالبهميّين والملحدين) من تسجيل دينهم الحقيقي في الوثائق، إذ كان القانون يقبل فقط الإسلام والمسيحية واليهودية، مما أجبرهم على الكذب أو العيش دون أي وثائق رسمية. هذه الأزمة كانت لها عواقب مدمرة، فقد حُرم المتأثرون من استخراج شهادات الميلاد والزواج وجوازات السفر، مما منعهم من العمل والتعليم والعلاج في المستشفيات الحكومية والتصويت، وقيد حرية تنقلهم في نقاط التفتيش. وتُعزى جذور المشكلة إلى قانون 1960 الذي ألغي الأنشطة البهائية، لكن بدأ التطبيق الصارم للحاسوب في التسعينيات عمليًا حرمانهم من الإعفاءات اليدوية القديمة (مثل ترك خانة الدين فارغة أو كتابة "بهائي"). بعد معارك قضائية طويلة، أصدرت الحكومة في 8 أغسطس 2009 أول بطاقات هوية لبهائيّين بموجب حل توفيقي، يعتمد على إدراج شرطة (ـ) في خانة الدين بدلاً من إجبارهم على اختيار إحدى الأديان المعتمدة، مما سمح لهم باستعادة حقوقهم الأساسية. ومع ذلك، يظل البهائيون والملحدون وغيرهم دون اعتراف رسمي بهويتهم الدينية، لأن الإسلام والمسيحية واليهودية هي الوحيدة المعترف بها، بينما تبقى قضية تغيير الدين، مثل تحول محمد حجازي للمسيحية، محفوفة بصعوبات قضائية وتعصب إداري.