PubChem je rozsáhlá, bezplatně přístupná databáze chemických sloučenin, kterou spravuje Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI), součást amerických Národních institutů zdraví (NIH). Databáze byla spuštěna v roce 2004 a zaměřuje se na malé molekuly; k červnu 2025 obsahuje přes 121 milionů charakterizovaných sloučenin, 334 milionů záznamů o látkách (včetně směsí a extraktů) a výsledky z 1,76 milionu biologických testů. Data pocházejí od více než 80 přispěvatelů z celého světa a jsou volně dostupná jak přes webové rozhraní, tak přes FTP server. Zajímavostí je, že Americká chemická společnost se v minulosti pokusila o omezení PubChemu, protože údajně konkuroval její komerční službě Chemical Abstracts Service (CAS). Databáze se dělí na tři hlavní části – Compounds, Substances a BioAssay – a představuje klíčový nástroj pro vědce v oblasti chemie a biologie.