הסקר הארכאולוגי של ישראל נועד למפות, לתעד ולקטלג את אתריה הארכאולוגיים של המדינה, ואחריותו מופקדת בידי רשות העתיקות. ההיסטוריה שלו החלה עוד במאה ה-19 עם חוקרים חלוצים, אך הסקר הגדול והשיטתי הראשון נערך ב-1872 על ידי הקרן לחקר ארץ ישראל, שהפיקה את המפה המפורסמת ב-1880 ועדיין משמשת חוקרים כיום. לאחר קום המדינה יזם שמואל ייבין סקר לאומי, ובשנות ה-50 בלטו סוקרים כמו נלסון גליק (שזיהה 1,500 אתרים בנגב), עמנואל ענתי (שגילה את הר כרכום) ויוחנן אהרוני (שסקר את הגליל ומדבר יהודה). סקרי מדבר יהודה הניבו תגליות מרתקות, ובהן מערת האיגרות שנחשפה על ידי יגאל ידין ומטמון נחל משמר שגילה פסח בר אדון. לבסוף, ב-1964 הוקמה האגודה לסקר ארכאולוגי של ישראל בניהולו של ד"ר זאב ייבין, שהחלה את דרכה בסקר אזור חיפה לבקשת ראש העירייה דאז, אבא חושי, ובכך הפכה את הסקר לפעילות מדעית מסודרת ושיטתית.