La désertion, l'abandon de l'entité à laquelle on a prêté allégeance, est considérée comme un crime militaire grave, particulièrement en temps de guerre, avec des peines variant de la peine de mort à la dégradation. Historiquement, durant la guerre anglo-américaine de 1812, on dénombre 1 620 désertions sur environ 10 000 soldats de la milice du Bas-Canada, souvent motivées par les mauvaises conditions matérielles. Le code de justice militaire de 1857 (articles 231 à 239) codifie ce délit en distinguant désertion à l'intérieur (six jours d'absence), à l'étranger (trois jours en paix, un en guerre) ou en présence de l'ennemi, avec des peines de deux à dix ans de travaux publics ou de prison. L'historien Emmanuel Saint-Fuscien y voit une « désobéissance impersonnelle et distanciée », tandis que le Manuel de l'officier de police judiciaire de 1881 la qualifie d'infraction grave au service, rompant le lien d'autorité. S'étendant aussi au corps médical et judiciaire, cette notion renseigne sur le mal-être des soldats des XIXe et XXe siècles, notamment pendant la Première Guerre mondiale, où les autorités ont lutté pour maintenir les hommes à leur poste.