El virus del Nilo Occidental (WNV) es un flavivirus que provoca la fiebre del Nilo Occidental, una enfermedad que causa encefalitis en equinos, humanos y aves, y fue aislado por primera vez en Uganda en 1937. Tras extenderse por África, Asia, Australia y Europa, llegó a Norteamérica en 1999, donde ha causado una gran mortandad (por ejemplo, 971 muertes en Estados Unidos en 2019) y emergió un nuevo genotipo (WN02) en 2002, más eficiente y grave.

La transmisión ocurre principalmente por la picadura de mosquitos infectados, como el Culex pipiens, aunque también se puede contagiar por transfusiones sanguíneas, trasplantes de órganos o de madre a bebé durante el embarazo y la lactancia. Las aves silvestres son el reservorio natural, manteniendo el ciclo del virus entre aves y mosquitos, mientras que caballos y humanos son hospedadores accidentales; no hay riesgo por tocar aves vivas o muertas, pero se recomienda usar guantes al manejar cadáveres.

El genoma del WNV es una única cadena de ARN de unas 12 000 nucleótidos que codifica proteínas estructurales (como la E, determinante antigénico) y no estructurales. Filogenéticamente se divide en 7 linajes, siendo el linaje 1 el más patógeno, presente en Europa, África, América y Australia, mientras el linaje 2 circula en el sur de África y Europa. La enfermedad no se transmite directamente entre caballos y personas, pero el control de mosquitos y la vigilancia de reservorios son clave para prevenir brotes.